Dalam Menjalankan Organisasi,
DPD II KNPI Kepulauan Seribu Memiliki Program Kerja Sebagai Berikut :
- PENGEMBANGAN OBYEK WISATA DI KEPULAUAN SERIBU
- TURNAMENT SEPAK BOLA PEMUDA
- MEMBENTUK KELOMPOK PEMUDA NELAYAN (BUDIDAYA IKAN)
- PELATIHAN ORGANISASI DAN PEMBERDAYAAN MASYARAKAT
- PEMANFAATAN LAHAN KOSONG UNTUK HOLTIKULTURA
- MELAKAKSANAKAN KEGIATAN SOSIAL (DONOR DARAH DAN PEMBAGIAN SEMBAKO SERTA SANTUNAN YATIM)
- PELATIHAN KEWIRAUSAHAAN (EKONOMI KREATIF)
- MENGGALAKKAN PEMUDA RELAWAN ANTI NARKOBA
- PELATIHAN DAN PENINGKATAN DALAM PEMAHAMAN ORGANISASI
- PELATIHAN BERBASIS TEKNOLOGI (IT)
- TRANSPLANTASI TERUMBU KARANG
- PENANAMAN MANGROVE
- PEMBUATAN BANK SAMPAH
- MENGADAKAN BALAI LATIHAN KERJA DALAM RANGKA PENINGKATAN SKILL DAN KETERAMPILAN
- PELATIHAN ENTERPRENEURSHIP
- PELATIHAN KEPEMIMPINAN/ ORGANISASI
- PELATIHAN TOUR GUIDE – PEMUDA